Le logiciel Brother MFL-Pro Suite comprend un pilote de scanner compatibilité TWAIN. Les pilotes TWAIN sont conformes au protocole universel standard qui permet la communication entre les scanners et les applications. Cela signifie que vous pouvez non seulement numériser des images directement vers la visionneuse PaperPort™ 11SE fournie par Brother avec l'appareil, mais également vers des centaines d'autres applications qui prennent en charge le protocole TWAIN. Parmi ces applications, on retrouve des programmes populaires tels que Adobe® Photoshop®, Adobe® PageMaker®, CorelDraw® et bien d’autres.