Tételeinek rendszerezéséhez a PaperPort™ 11SE könnyen használható fájlkezelő rendszerrel rendelkezik. A fájlkezelő rendszer azokat a mappákat és tételeket tartalmazza, amelyeket megtekintésre kiválaszt az Asztal nézet-ben. Egy tétel lehet PaperPort™ 11SE tétel, vagy nem-PaperPort™ 11SE tétel:
| • | A mappák a Mappa nézetben "fa" struktúrában vannak elrendezve. Ezt a részt mappák kiválasztására, és tételeiknek az Asztal nézet-ben történő megtekintésére használhatja. |
| • | Egy tételt egyszerűen a fogd és vidd (drag and drop) módszerrel húzhat bele egy mappába. Amikor a mappa kijelölődik, engedje el az egérgombot és a tétel az adott mappában tárolódik el. |
| • | A mappákat be is lehet "ágyazni", vagyis más mappákban is lehet tárolni. |
| • | Ha kétszer kattint egy mappára, tartalma (mind a PaperPort™ 11SE MAX fájlok, mind pedig a nem-PaperPort™ 11SE fájlok) megjelenik az Asztalon. |
| • | Az Asztal nézet-ben megjelenített mappák és tételek kezelésére a Windows® Explorer-t is használhatja. |
