A ScanSoft™ PaperPort™ 11SE a számítógépén lévő sok más alkalmazást automatikusan felismer, és rájuk mutató "munkalinkeket" hoz létre.

A PaperPort™ 11SE asztal alján lévő eszköztár megjeleníti, hogy milyen programokat használhat együtt a PaperPort™ 11SE-vel.

Ha egy tételt a PaperPort™ 11SE-ből egy másik programba szeretne elküldeni, egyszerűen használja a fogd és vidd (drag and drop) módszert, és húzza a PaperPort™ 11SE asztalon lévő tételt az Elküldés eszköztárban a program ikonjára. A PaperPort™ 11SE automatikusan konvertálja a tételt a szükséges formátumra.

Ha a PaperPort™ 11SE nem ismerné fel automatikusan a számítógépén lévő alkalmazások egyikét, akkor manuálisan is létre tud hozni egy linket az Új Programkapcsolat paranccsal.