O software Brother MFL-Pro Suite inclui um controlador do digitalizador compatível com TWAIN. Os controladores TWAIN satisfazem os requisitos do protocolo universal standard de comunicações entre digitalizadores e aplicações. Isto significa que não só pode digitalizar imagens directamente para o PaperPort™11SE que a Brother incluiu no aparelho, mas também pode digitalizar imagens directamente para centenas de outras aplicações de software que suportem a digitalização TWAIN. Estas aplicações incluem programas populares, tais como o Adobe® Photoshop®, o Adobe® PageMaker®, o CorelDraw® e muitos outros.