De software Brother MFL-Pro Suite wordt geleverd met een TWAIN-compatibele scannerdriver. TWAIN-drivers voldoen aan het algemene universele protocol voor communicatie tussen scanners en applicaties. Dit betekent dat u niet alleen beelden rechtstreeks kunt scannen naar de PaperPort™ 11SE-viewer die door Brother met de machine is meegeleverd, maar dat u ook beelden rechtstreeks naar honderden andere softwareapplicaties kunt scannen, als deze toepassingen scannen met TWAIN ondersteunen. Het betreft hier populaire programma’s, zoals Adobe® Photoshop®, Adobe® PageMaker®, CorelDraw® en vele andere toepassingen.