A PaperPort™ 11SE könnyen kezelhető fájlkezelő rendszere segít az elemek rendezésébe. A fájlkezelő rendszer mappákból és az Desktop nézetben megjelenített elemekből áll. Az elemek lehetnek PaperPort™ 11SE elemek vagy nem-PaperPort™ 11SE elemek:
| • | A mappák „fastruktúrába” vannak rendezve a Mappa nézetben. Ebben a részben kiválaszthatja a megfelelő mappákat, és megtekintheti a mappákban lévő elemeket az Desktop nézetben. |
| • | Egyszerűen megfoghat és áthúzhat egy elemet egy mappára. Amikor a mappa kiemelődik, engedje el az egér gombját és az adott elem a mappában tárolódik. |
| • | A mappák „egymásba ágyazhatók”— vagyis más mappákban tárolhatók. |
| • | Amikor duplán egy mappára kattint, annak tartalma (PaperPort™ 11SE MAX fájlok és nem PaperPort™ 11SE fájlok egyaránt) megjelenik az asztalon. |
| • | A mappákat és az Desktop nézetben megjelenő elemeket a Windows® Explorer alkalmazásban is kezelheti. |
