Softvér Brother MFL-Pro Suite zahŕňa ovládač skenera kompatibilný so štandardom TWAIN. Ovládače TWAIN spĺňajú štandard univerzálneho protokolu pre komunikáciu medzi skenermi a aplikáciami. To znamená, že okrem skenovania obrázkov priamo do prezerača PaperPort™ 11SE dodaného spoločnosťou Brother spoločne s prístrojom, môžete skenovať obrázky taktiež priamo do stoviek iných aplikácií, ktoré podporujú skenovanie TWAIN. Medzi tieto aplikácie patria obľúbené programy ako Adobe® Photoshop®, Adobe® PageMaker®, CorelDraw® a mnoho ďalších.