PaperPort™ 11SE má pro uspořádání souborů snadno použitelný systém systém správy. Systém správy souborů se skládá ze složek a položek, které chcete prohlížet v Pracovní plocha. Položkou může být položka PaperPort™ 11SE nebo non-PaperPort™ 11SE:
| • | Složky jsou uspořádány do „stromové” struktury ve Folder View. Tuto část používáte k vybírání složek a k prohlížení jejich položek v Pracovní plocha. |
| • | Stačí táhnout položku a pustit ji na složku. Když je složka zvýrazněna, pusťte tlačítko myši a položka se v této složce uložila. |
| • | Složky mohou být „vloženy”, neboli uloženy do jiných složek. |
| • | Když dvakrát klepnete na složku, její obsah (jak soubory PaperPort™ 11SE MAX, tak non PaperPort™ 11SE ) se objeví na pracovní ploše. |
| • | Ke správě složek a položek zobrazených v Pracovní plocha můžete použít také Windows® Explorer. |