A ScanSoft™ PaperPort™ 11SE automatikusan felismeri a számítógépre telepített más alkalmazásokat, és rájuk mutató „munkahivatkozásokat” hoz létre.
A PaperPort™ 11SE asztal alján lévő eszköztár megjeleníti, hogy milyen programokat használhat együtt a PaperPort™ 11SE szoftverrel.
Ha egy tételt a PaperPort™ 11SE szoftverből egy másik programba szeretne küldeni, egyszerűen húzza a PaperPort™ 11SE asztalon lévő tételt a Küldés eszköztárban a program ikonjára. A PaperPort™ 11SE automatikusan konvertálja a tételt a megfelelő formátumra.
Ha a PaperPort™ 11SE nem ismeri fel automatikusan a számítógépén lévő alkalmazások valamelyikét, akkor az Új Programkapcsolat paranccsal manuálisan is létrehozhat hivatkozást.