PaperPort™ 11SE -ohjelmassa on helppokäyttöinen arkistointijärjestelmä tiedostojen järjestämistä varten. Arkistointijärjestelmä koostuu kansioista ja tiedostoista, jotka valitaan tarkasteltaviksi Desktop (Työpöytä) -alueella. Tiedosto voi olla PaperPort™ 11SE -tiedosto tai ei-PaperPort™ 11SE -tiedosto:
| • | Kansiot näkyvät hakemistopuuna Kansionäytössä. Käytä tätä osaa, kun haluat valita kansioita ja katsella niiden sisältöä Desktop (Työpöytä) -alueella. |
| • | Tiedosto voidaan yksinkertaisesti vetää ja pudottaa kansioon. Kun kansio on valittu, vapauta hiiren painike, jolloin tiedosto tallentuu kyseiseen kansioon. |
| • | Kansioita voidaan laittaa sisäkkäin eli tallentaa toisiin kansioihin. |
| • | Kun kaksoisnapsautat kansiota, siinä olevat tiedostot (sekä PaperPort™ 11SE MAX-tiedostot että ei-PaperPort™ 11SE-tiedostot) tulevat työpöydälle. |
| • | Desktop (Työpöytä) -alueella näkyviä kansioita ja tiedostoja voidaan järjestää myös Windows® Resurssienhallinnassa. |